В 1956 г. на основании постановления ЦК КПБ и Совета Министров Белорусской ССР от 5 апреля 1956 г. № 174 и постановления ЦК КПСС от 16 июля 1956 г., а также приказа министра сельского хозяйства БССР от 25 октября 1956 г. № 309-К был организован Белорусский научно-исследовательский институт экономики и организации сельскохозяйственного производства (БелНИИЭОСХ). Под нынешним названием институт функционирует с 2008 г. Подчинен Национальной академии наук Беларуси.
Сегодня Институт системных исследований в АПК НАН Беларуси – ведущее в стране научное учреждение, выполняющее исследования в области аграрной экономики, располагающее высококвалифицированными научными кадрами. В настоящее время функционируют 3 научно-исследовательских отдела, которые включают 13 научно-исследовательских секторов.
Институт активно работает с сельскохозяйственными и перерабатывающими предприятиями, ЛПХ и К(Ф)Х, органами государственного управления, крупными торговыми и промышленными предприятиями, присоединившими сельхозпредприятия, иностранными компаниями и международными учреждениями, на постоянной основе взаимодействует с рядом научных организаций и учреждений ближнего и дальнего зарубежья, с Евразийской экономической комиссией, Продовольственной и сельскохозяйственной организацией Объединенных Наций (ФАО).
На базе института действуют аспирантура и докторантура, функционирует специализированный совет по защите кандидатских и докторских диссертаций, регулярно проводятся международные конференции, республиканские семинары, круглые столы и другие научные мероприятия. Наиболее значимые результаты исследований находят отражение в научных публикациях.
